Penyebab paling utama terjadinya pencemaran air di sepanjang aliran Sungai Brantas adalah karena Limbah domestik serta limbah industri. Oleh karenanya, air yang melintas di kawasan perkotaan serta kawasan industri kualitasnya akan terus menurun. Hal tersebut disampaikan oleh Direktur Utama Perum Jasa Tirta I, Raymond Valiant Ruritan. Menurutnya, salah satu limbah domestik yang lumayan berbahaya adalah penggunbaan sabun atau deterjen serta pemakaian pestisida yang juga berpengaruh cukup besar terhadap pencemaran air. Raymod mengatakan “Pemakaian deterjen tentu saja menyebabkan air mengandung banyak sekali kandungan hidrokarbon. Kita tahu bahwa penggunaan pestisida bisa mematikan bila terakumulasi”. Kendati demikian, Raymond menyampaikan bahwa kualitas air di sepanjang aliran Sungai Brantas stagnan dalam beberapa waktu terakhir ini, yakni tidak bertambah buruk dan tidak bertambah bagus. “Kita bisa katakan kualitas air tidak menjadi lebih buruk belakangan ini,” jelasnya. Dalam wa